石蜡包埋样本,RNA降解样本均存在RNA降解情况。经典的mRNA降解通用模型中,Poly(A)尾变短(即脱腺苷化)时, poly(A)结合蛋白PABPC从mRNA上释放下来,mRNA随即被降解。而传统单细胞技术基于Poly(A)进行RNA捕获,因此对RNA完整度要求较高,对石蜡包埋样本,RNA降解样本效果较差。
而细菌RNA本身不具有 poly(A)结构,因此传统单细胞技术无法检测。
M20-seq技术基于随机引物原理,即使RNA分子有一定程度降解、没有poly(A)结构,仍可捕获RNA分子后进行细胞标记,因此可以进行石蜡包埋样本,RNA降解样本、细菌样本的单细胞检测。